農林水産省は、平成２８年熊本地震の食料供給・農林水産業関係被害の状況（平成２８年５月６日１０時現在）をホームページに掲載した。

・園芸作物等では、１８の選果場で、外壁、選果ライン等の一部破損が発生（熊本県１７件、長崎県１件）。
・農業用ハウス本体・高設栽培ベンチ・配管の損傷、燃油タンクの傾き等の被害が散見される。
・メロン、トマトの一部落果被害が発生。
・いちご、レタス等の一部枯死被害が発生。
・一番茶で一部適期を逃して収穫できなかった地域あり。
・畜舎等の施設、設備が全壊又は一部損壊したほか、死亡牛も発生。
・カントリーエレベーター等で地盤沈下、配管や搬送設備の破損等の被害が発生 。
・ほ場の地割れや液状化 、法面の崩壊等の被害が発生 。
・水路やパイプラインの損壊等により、水が確保できないほ場が散見 。

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