平成２２年４月の行政刷新会議の事業仕分け結果等を踏まえ、農林水産大臣が定めた農業・食品産業技術総合研究機構第３期中期目標（平成２３年３月２日）において、「農業者大学校における教育は平成２３年度末をもって終了」との方針が示されたことから、平成２４年３月末をもって閉校することとなった。

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