モザイク病はアブラムシ媒介によるウイルス病です。土壌伝染性ではありませんので、モザイク病に関しては、土は再利用できます。モザイク病対策としての地下部の対策は特にありませんが、地上部のアブラムシ防除の徹底は必要です。また、圃場の周囲にソルゴーなどの障壁作物を植えておくこともアブラムシ対策になります。
ただし、モザイク病とは別に、長芋等は連作すると、土壌病害である「根腐病」等の発生が多くなり、腐る株が多くなってきます。そこで、できれば長芋等は連作せず、ネギ類やイネ科作物（ヘイオーツなどの緑肥作物含む）などとの輪作をおすすめします。ごぼうやだいこんなどの根菜類も、同様の病害が発生しますので避けましょう。
長芋等を連作せざるをえない場合は、クロルピクリン剤やダゾメット剤（バスアミドなど）で土壌消毒します。

モザイク病にかかった株から収穫したムカゴはウイルスに感染していますので、植えてもモザイク病の症状が出て、種いもの収量が落ちます。従って、そのムカゴは植えずに、新しい種を購入することをおすすめします。