ひこばえが低いようであれば、逆転ロータリーを低速で耕起し、うね立てしても大丈夫です。
ひこばえが高く、米が実っているような状況だと有機物が多すぎるので、そのまますき込んでしまうのは問題です。一旦、有機物の分解を促進してくれるもの（石灰窒素等）と一緒にすき込み、２週間ほど待ってから施肥、畦立てをする必要があります。