にんにくにも「黒腐菌核病」や「紅色根腐病」などの土壌病害による連作障害はありますが、青森県の生産者は、一般的に連作をします。数年の連作では、連作障害が問題となることは、ほとんどありません。むしろ、毎年堆肥を投入し、リン酸分や石灰分の施用など、土壌改良を続けていった方が収量性が高まってくるからです。
それでも、一般的には、作付け５～６年目が収量性のピークで、その後は徐々に低下してくるとも言われています。長い人で２０年も連作を続けている人もいます。

ただし、極端な連作は、前述の土壌病害や茎葉の病害、イモグサレセンチュウなどの害虫が増加してくる場合もあります。また、リン酸過剰など土壌化学性が悪化していきますので、状況に応じてネギやタマネギ、らっきょうなど以外の品目（できればイネ科の緑肥、ソルゴーなど）との輪作が望ましいでしょう。