肝てつ症を引き起こす肝てつ（吸虫の一種）は、水田などに生息するヒメモノアラガイを中間宿主として増殖し、イネなどに付着するために稲わらを通して感染したことから、イネＷＣＳの給与で不安視する声もありました。肝てつは有機酸によるｐＨ低下やサイレージ調製によって死滅あるいは感染力を失うことから、以下のように対応します。
①ＷＣＳ用イネを細断して詰め込み密度を高めて発酵品質の優れたｐＨの低いサイレージを調製する。
②サイレージ調製してから６０日以降に給与を開始する。
③サイレージの給与をはじめてから３カ月程度たってから、念のために寄生虫卵検査を行う。