ご質問の内容からすると、近年問題となっている雑草イネだと思われます。
圃場全体及び地域の水田へ拡散しないうちに、以下の対策を行ってください。

１．雑草イネとは
　雑草イネとは赤米など由来不明のイネで、穂から籾がこぼれやすく（脱粒する）、雑草のように増加します。放置すると、農業機械や用水などを介して周りの圃場に拡散し、地域の水稲生産に大きな被害をもたらします。色彩選別機で除去したとしても、圃場の雑草イネは減ることはありません。放置すると収量低下の原因にもなるので、早期に発見し、被害の小さいうちに対応する必要があります。

２．雑草イネの特徴
　多くの雑草イネは、以下のような特徴があります。
・出穂後２週間程度から脱粒し始める（発芽能力あり）。
・出穂期や草丈が栽培品種と異なる。
・籾の色が褐色～黒色になる物が多い。
・籾の先端や芒が赤い物が多い。

３．雑草イネの防除対策
（１）収穫後～作付け前までの対策
・非選択性除草剤の散布（ひこばえ防除）
　収穫後に再生する個体を枯らす（籾をつけさせない）。
・石灰窒素の散布（表層に落ちた籾を死滅させる）
　１０ａあたり石灰窒素５０ｋｇを均一に散布し、３週間以上経過してから耕起する。
　翌年は、水稲の１０ａあたり基肥窒素施用を２ｋｇ程度減肥する。
・非選択性除草剤の散布（出芽個体防除）
　春先の耕起前に出芽個体を枯らす
　
（２）水稲栽培期間中の対策
・有効除草剤の散布
　雑草イネに効果のある除草剤を、７～１０日間隔を目安に２～３回散布する。
・手取り除草
　栽培品種と異なる特徴（前述）のイネを定期的に取り除く。出穂後２週間までに、根から抜き取る。

４．その他の対策
（１）遅植え
・作付け時期を遅くし、先に発芽する雑草イネを埋め込んだり、非選択性の除草剤で防除した後に移植する。
（２）機械除草
・移植後の早い時期に機械除草すると、水稲条間に発生した雑草イネを減らすことができる。