施肥後の肥料成分は、土壌に吸着され、作物（この質問の場合は水稲）がこれを吸収して利用されますが、施肥後の期間が短い場合、肥料分の流亡やガス化による飛散は気にしなくても良いと思います。
厳密に言えば、施肥直後から損失は始まるため、期間は短い方が良いのですが、作業の手順等もあると思いますので、現在の作業計画で進められても、不具合は生じないものと思います。

気になったのは、「ロ－タリーをかけながら肥料をまく」と言う部分です。
ロ－タリーで耕うんする前に施肥をおこない、耕うんで肥料を全層に混和するようにしてください。
表面に肥料がまかれた状態で放置された場合、ロスが大きくなります。
通常の手順としては、以下の方法をとられている経営体が多いと思います。

全層施肥
①耕耘１回目（荒起こし）→　施肥　→　耕耘２回目　→　代かき　→　移植
②耕耘　→　施肥　→　荒代かき　→　本代かき　→　移植