水稲で基肥を使わず栽培することは、基盤整備で表土を戻した直後、野菜や大豆あと作などに、結構広く行われています。これらの場合、土壌が乾燥し、微生物の働きで有機物の分解が進み、生育初中期に窒素が過剰になるおそれがあるので、基肥なし、または３分の１～半分に減らして栽培し、その後の生育を見て追肥を行います。

通常は、基肥を行わない場合、田植え直後は肥料がやや不足し、光合成活性や同化作用が低下し、生育が遅れる（劣る）おそれがあります。土壌の有機物の分解による窒素が切れるにつれ、葉色は早くからさめてしまいます。穂数不足、もみ数不足による減収も懸念されます。
追肥を行う場合は、①過剰な生育や倒伏をまねかないよう、②米のタンパクを高め過ぎないよう、時期や追肥量を加減します。通常は葉色がさめるのを確認し、幼穂形成期（７月中旬）に、１０ａ当たり窒素成分で１～２ｋｇ程度の追肥を行うのが一般的です。