コナギは１年生雑草ですが、増えるとやっかいです。水深が深く、酸素が不足する条件でコナギの発芽が促進されると言われています。
多発の要因としては、
①除草剤の処理時期が遅く、殺草しきれなかったコナギの種子が翌春に発生している、
②ＳＵ剤（スルフォニルウレア系除草剤）に対する感受性の低い（いわゆる抵抗性の）コナギが発生している、
③特に疎植栽培においては残ったコナギが多くの種子を形成する、
④米ぬかによる除草法により田面が酸素不足の条件になっている、
⑤深水栽培で田面が酸素不足の条件になっている、などが考えられます。

対策としては、原因①②に対しては、効果のある一発型除草剤を適期に遅れずに処理し、残草が見られたならば、後期剤を用いること、原因③に対しては、疎植から通常の栽植密度に戻す、原因④に対しては、米ぬか防除を中止し、除草剤による防除やこまめな機械防除に切り替える、要因⑤に対しては、田面の均平を良くし深水栽培を避けることです。
また、コナギは他の雑草と異なり、深水にすると発芽しやすくなるため、均一にすることで生えにくくするものです。