例として挙げられたもの（菌）は、どれを使用しても問題ありませんが、好気性か嫌気性かの区別よりも、土のｐＨが重要と考えます。
ｐＨは土に含まれる菌によって変わります。酸度が下がるほど、土の中の糸状菌（多くの土壌病害の原因となる病原）が繁殖しやすく、アルカリ性では細菌（バクテリア）が繁殖しやすくなります。中性に近い土には、善玉菌が繁殖します。自然の状態では、わずか１ｇの土の中に数億の微生物が存在するといわれています。

●ボカシ肥の作り方
①山土と言って、肥料が少なく土壌病原菌のない土を使用します。畑土であれば、地表から５０ｃｍ以下の土を使用します。
②土に米ぬか、脂かす、魚かす、骨粉、乾燥鶏ふんなどをよく混ぜ、表面をシートで覆って２～３カ月ほど堆積します。途中で１回切り返します。

※米ぬかを使った分量の一例
土２５０ｋｇに対し、米ぬか１５ｋｇ、油かす１００ｋｇ、魚かす５０ｋｇ、骨粉５０ｋｇ、乾燥鶏ふん５０ｋｇ。（有機質肥料が主体）